世界自闭症日｜自闭症生物信息学研究汇总

以前是第 13 个世界自闭症日, 旨在让人们注目自闭症极低血压以及他们每天所面临的身心。联合国鼓励各国政府和关的四组织在这一天举行活动，以提极低人们对自闭症的接触，同时政治宣传更早外科手术和干预外科手术自闭症的举足轻重象征意义。近年来由于媒纤曝光和哮喘科普文书工作，市民开始对成年人和自闭症 (ASDs) 的认知正在逐年提极低。

自闭症后代身心（ASD，旧称孤独症）是一种胚胎身心，近似于外观上是社时会沟通身心和重复不道德，因此这群特殊的**也被专指「来自彩虹的**」。自闭症后代身心是一种脑部胚胎身心，临床统计分析统计分析推断出很强非常强的基因型异质性。

左特写上海彩虹寒已成人教育统计分析所

在过往的十年里，随着原核生物核心技术的慢速工业发展，自闭症这种神秘且难以解读的哮喘，仍然已视作等位基因四组时期哮喘统计分析课题的出乎意料案例之一。

Illumina 因美纳子公司致力于通过等位基因的意识改善人类健康。我们注重创新近，这使我们已视作等位基因四组学历史学者与主要电子系统服务商，并为科研、临床统计分析和应用领域消费市场的买家缺少专业知识的服务。以前我们就把 ASD 课题新近出炉的统计分析已成果为大家顺利完成解读与交友，协助大家明白目前国内对自闭症的统计分析进展。

复杂的自闭症基因型学机制

2019 年在 Cell 上发表的《Getting to the Cores of Autism》一文里指出，在过往的十年里，ASD 仍然从神秘且被误解的完正因如此相同哮喘之一，已视作后等位基因四组时期的出乎意料故事之一。我们将这一出乎意料值得注意改变游戏有的 NGS 原核生物核心技术的到来，以及随着 NGS 核心技术的大现有应用领域而建立的大型等位基因四组统计数据集。

目前推断出与 ASD 关的的感染性等位基因有数百个，所推断出的感染性等位基因座突变类型多样。愈发多的自闭症关的感染性等位基因的推断出，正在为临床统计分析监测和外科手术策略性的研发得益于坚实为基础。在等位基因、脑部胚胎和认知功能相互间架起桥梁，意味著需要在生成脑部科学和临床统计分析心理学课题转用完正因如此相同的大统计数据原理。等位基因的推断出加快了这一过程，为临床统计分析原核生物和 ASD 新近外科手术策略性的开发新近得益于了为基础。

基因型学统计分析仍然推断出了三类基因型意味著性的结论性证据，仅限于在人群里完正因如此相同的多等位基因反转、在人群里最近牵涉到的稀有反转以及在后代里集纤行动牵涉到的许多学生突变。我们在一个后代里描述了所有这三种状况，但这种描述一般来说代表人一个近似于的中产阶级，因为许多学生、基因型和多等位基因意味著性在形态相互间有所相异。

文里还介绍到，通过这种方式，稀有反转，CNV 和完正因如此相同反转的多等位基因意味著性模型（PRS）可以聚集已成离散四组，在肝细胞模型和临床统计分析基因型统计数据里较为基因型相似性的模式可以协助鉴定很强共同脑部病理的 ASDs 的临床统计分析冠状病毒。

正因如此球性自闭症大现有缓冲区统计分析一览

【纵观大现有 WES 统计分析】35,584 例，正因如此外显子四组原核生物统计分析

Cell. 2020 Feb 6;180(3):568-584.e23.

2020 年 2 月，西奈山伊坎临床院他组织的国际统计分析文书工作团队搜罗并统计分析 35,584 名参与者的抽样，其里仅限于 11,986 名自闭症极低血压，完已成了纵观大现有 WES 统计分析的自闭症缓冲区的正因如此外显子原核生物新近项目。统计分析技术人员统计分析鉴定到 102 个与自闭症意味著性关的的等位基因，其里有 49 个等位基因与脑部胚胎滞后病因有关。这项统计分析将自闭症关的等位基因的数量从 2015 年时的 65 个增加到目前的 102 个，并在区分自闭症与智力缺陷和胚胎滞后关的等位基因方面取得重大进展。统计分析技术人员还推断出，自闭症关的等位基因时会冲击脑部的胚胎和功能，这两种冲击从而增加了自闭症的患病意味著性。

左图：Illumina NovaSeq 原核生物仪

NovaSeq 系列适配度大、自如适合于，尽意味著适应各种相异的应用领域和新近项目现有，提极低操作投入生产已成本。用户可以同时调试 1 个或 2 个流向槽，并有多种流向槽类型可选用, 轻松地调节每个原核生物调试的一般来说。它可对统计数据的一般来说自如调节，从而您尽意味著调试仅限于任何原核生物原理、等位基因四组和现有的新近项目。从激活四组原核生物到正因如此等位基因四组原核生物，极低效率、极低覆盖度的原核生物为等位基因四组缺少了立纤化的开阔，尽意味著有用推断出反转、描绘异构纤的外观上并做愈发多坏事。由于上有愈发极低的通量和每个样品愈发低的单价，NovaSeq 系列极好统计数据密集型的应用领域。

Illumina DRAGEN（Dynamic Read Analysis for GENomics）Bio-IT 平台尽意味著对新近一代原核生物（NGS）统计数据顺利完成慢速的二级统计分析。DRAGEN 在后台用到了 FPGA（现场电子设备门阵列核心技术）的硬件，可为其基于 GATK 的生殖系短反转监测方式上缺少愈发快的加快。仅从一段时间上看，从而无须比对的更早 FASTQ 副本开始并分解已成 GVCF 和/或经过填充的 VCF，单个正因如此等位基因四组抽样的侧到侧高达统计分析一段时间可从 23 每隔以上较长到约 36 分钟。

【GWAS】芬兰各地区 iPSYCH 工程新近项目

Nat Genet. 2019 Mar;51(3):431-444.

由芬兰各地区 iPSYCH 工程新近项目四组织和 Broad 统计分析所的科学家他组织的统计分析文书工作团队，对 18,381 名自闭症极低血压和 27,969 名经常性对应顺利完成正因如此等位基因四组关联荟萃统计分析，并鉴定到 5 个国内的举足轻重等位基因座，并且在自闭症的临床统计分析亚群归纳相互间推断出基因型歧异。这一推断出意味着，愿景时会有能明确将外科手术四组别分开的等位基因，顺利完成愈发有用的外科手术，并为患有自闭症的形态缺少愈发适合其自身的外科手术和外科手术方案。

该新近项目用到的 Illumina PsychChip Array, 是一款由精神哮喘统计分析联盟（Psychiatric Genomics Consortium）缺少设计等位基因座，由 Illumina 投入生产的一款专为精神类哮喘统计分析设计的芯片，仅限于 59 万个与精神类哮喘计算及意味著性关的的等位基因反转等位基因座。

在此新近项目的另一项统计分析里，对 8,340 名患有自闭症及多动症极低血压和 5,002 名对应的外显子四组原核生物统计分析后推断出：患有自闭症和患有多动症的社群在进化保守的等位基因里很强雷同数量的稀有蛋白截短反转纤负担。这项统计分析结果从基因型学角度实际上暗示了造已成这两种相异成年人精神哮喘却很强一些相同病因的生物科学原因。

Nat Neurosci. 2019 Dec;22(12):1961-1965.

多四组学时期的自闭症统计分析

【单肝细胞原核生物】单肝肝细胞 RNA 原核生物识别自闭症关的肝细胞类型

Science. 2019 May 17;364(6441):685-689.

单肝细胞原核生物核心技术在诸多生成临床课题应用领域是 2019 年等位基因四组学统计分析里甚为亮眼的课题之一，在自闭症的统计分析里也是如此。该项统计分析借助于单肝肝细胞 RNA 原核生物核心技术，探究 15 名自闭症极低血压和 16 名对应极低血压的 41 个骨骼肌四组织抽样里总共 104,559 个肝细胞的激活四组水平改变。统计分析推断出，在 ASD 极低血压最底层脑皮质回路兴奋性轴突、理解腹腔活性肠的里间轴突，胚层星形中空肝细胞和小中空肝细胞都有非常总纤的等位基因理解改变。将肝细胞免疫理解歧异和 ASD 临床统计分析基因型的致使极低度较为推断出，L2/3 轴突肝细胞和小脑部中空肝细胞里的等位基因理解改变和临床统计分析基因型的致使极低度密切关的。这些结果有助于将愿景自闭症统计分析催生到最有意味著与病症关的的化学分子和肝细胞类型。

【大肠化学物质】自闭症极低血压大肠病原纤可改变动物模型不道德外观上

Cell. 2019 May 30;177(6):1600-1618.e17.

加州科技学院的统计分析技术人员通过粪便复制，将患有自闭症和经常性胚胎成年人的大肠化学物质分别复制到实验动物模型纤内。其里，植入患有自闭症形态化学物质基因型的动物模型表现出完正因如此相同自闭症病因的不道德外观上，如社交互动一段时间较长、不话语、频繁显现一般来说的不道德，而植入经常性胚胎形态大肠病原纤的动物模型则没表现出这些病因。除不道德歧异均，植入自闭症成年人大肠化学物质的动物模型大脑里的等位基因理解和新近陈化学物质四组已成也还牵涉到了总纤改变。

由此推断出，大肠病原纤或是引发自闭症关的病因的举足轻重因素。随后的化学物质基因型四组已成和不道德相似性统计得出结论，特定大肠病原纤四组已成改变与自闭症关的不道德密切关的，由此证据证明特定细菌意味著导致自闭症各种不道德病因的假设。

自闭症统计分析展望

正如上述文献所概括，自闭症的基因型学机制极为复杂，仅限于从稀有基因型反转、拷贝数异常以及多等位基因不稳定性。因此只有愈发完整的明白自闭症背后的基因型学以及等位基因四组学机制，才能协助市民和专业知识医生从等位基因四组学的为基础上愈发完整的明白自闭症，愈发多明白这些从彩虹来的**。

随着 NGS 核心技术在精神类统计分析里的大现有应用领域，基于等位基因四组大统计数据的功能反转等位基因座的推断出以及关的统计分析将时会推进统计分析者对于自闭症的认知。通过大统计数据的意识，科学家们可以将关联等位基因反转、脑部胚胎以及接触统计分析融为一纤。尤其是随着宏等位基因四组的 NGS 原核生物在近年来得以飞速工业发展，针对精神类哮喘极低血压的大肠化学物质统计分析为统计分析者缺少了一个正因如此新近的维度。虽然大肠化学物质受病原纤本身的生活环境冲击，但是它本身也呈现出一定的家系基因型外观上。所以很多统计分析者对针对自闭症的大肠病原纤复制及关的新近陈代谢四组学统计分析寄予厚望。

我们相信在等位基因四组大统计数据的指引下，这些统计分析不仅尽意味著协助人们正因如此面明白自闭症相异冠状病毒归纳，而且这些等位基因的功能免疫统计分析还将时会得益于愿景自闭症外科手术策略性开发新近及类固醇统计分析的坚实为基础，从而助力实现针对自闭症的简单临床。随着等位基因四组学监测核心技术已成本增极低以及各类社群基因型学新近项目所带来的丰沛抽样资源，诸如表观等位基因四组关联统计分析以及自由空间激活四组等新近兴核心技术将时会进一步协助人类来关卡自闭症的奥秘。

注目自闭症，因美纳在行动

早在 2015 年，Illumina 与 Hartwell Autism Research & Technology Initiative（iHART）的统计分析技术人员共同合作，建立了一个关于自闭症后**物信息学为基础统计资料库。

Illumina 因美纳区的员工都只也在用自己的方式关爱着自闭症成年人社群。子公司的志愿者每年都时会到上海彩虹寒已成人教育统计分析所（简称「彩虹寒」），去陪伴关爱这些彩虹的**。

上海彩虹寒已成人教育统计分析所初建于 1993 年 3 月 15 日，是里国第一家专门为孤独症成年人及其中产阶级缺少已成人教育服务的民办民间组织独立机构（NGO），创始人田惠萍是一位孤独症成年人的家长。彩虹寒愿意通过专业知识核心职业教育，提极低家长对孤独症成年人的养育能力并促顺利完成业的健康工业发展，使孤独症人拥有平等的工业发展机时会、尽情经常性化的生活。有助于社时会接触、解读和接纳孤独症成年人，尊重他们的共存和工业发展权利。

* 仅供统计分析用到，不得可用外科手术。

1. Lakoucheva LM. Getting to the Cores of Autism. Cell. 2019 Sep 5;178(6):1287-1298. 2. Satterstrom FK. Large-Scale Exome Sequencing Study Implicates Both Developmental and Functional Changes in the Neurobiology of Autism. Cell. 2020 Feb 6;180(3):568-584.e23.3. Grove J. Identification of common genetic risk variants for autism spectrum disorder. Nat Genet. 2019 Mar;51(3):431-444.4. Satterstrom FK. Autism spectrum disorder and attention deficit hyperactivity disorder he a similar burden of rare protein-truncating variants. Nat Neurosci. 2019 Dec;22(12):1961-1965.5. Zhou J. Whole-genome deep-learning ysis identifies contribution of noncoding mutations to autism risk. Nat Genet. 2019 Jun;51(6):973-980.6. Velmeshev D. Single-cell genomics identifies cell type-specific molecular changes in autism. Science. 2019 May 17;364(6441):685-689.7. Sharon G. Human Gut Microbiota from Autism Spectrum Disorder Promote Behioral Symptoms in Mice. Cell. 2019 May 30;177(6):1600-1618.e17.

左特写比如说：Illumina

编辑： 翟超男